甲亢治疗有三种方法，抗甲状腺药物治疗，放射碘治疗和手术治疗。
抗甲状腺药物
咪唑类和硫氧嘧啶类，代表药物分别为甲巯咪唑(又称“他巴唑”)和丙基硫氧嘧啶(又称“丙嘧”)。
药物治疗适合甲亢孕妇、儿童、甲状腺轻度肿大的患者，治疗一般需要1～2年，治疗中需要根据甲状腺功能情况增减药物剂量。
药物治疗有一定的副作用，包括粒细胞减少、药物过敏、肝功能受损、关节疼痛和血管炎，药物治疗初期需要严密监测药物的副作用，尤其是粒细胞缺乏，若患者一旦出现发热和/或咽痛，需要立即检查粒细胞以便明确是否出现粒细胞缺乏，若有，即WBC低于3×109/L或中性粒细胞低于1.5×109/L时应停药处理。
放射碘治疗
放射碘治疗和手术治疗都属于破坏性治疗，甲亢不容易复发。但是，孕妇和哺乳妇女严禁使用放射碘治疗。
放射碘适合甲状腺中度肿大或甲亢复发的患者。
由于放射碘的作用有一个延迟作用，随着时间随诊，甲减发生率每年3%～5%。
放射碘治疗不适合有甲状腺眼病的甲亢患者，因为治疗后眼病可能会加剧。
手术治疗
手术指征：
①继发性甲亢或高功能腺瘤;
②中度以上的原发性甲亢;
③腺体较大，伴有压迫症状，或胸骨后甲状腺肿等类型的甲亢;
④抗甲状腺药物或131I治疗后复发者或长期坚持用药有困难者。
禁忌症：
①青少年患者;
②甲亢症状较轻者;
③老年患者或有严重器质性疾病不能耐受手术者;
④妊娠后期者。